En el marco de la cooperación internacional, se trabaja sobre 4 ejes: el eje de apoyo técnico y económico del gobierno de los Estados Unidos de América, la Organización de los Estados Americanos, a través de la Comisión Interamericana para el Control contra el abuso de las drogas (CICAD/OEA); las NN UU, a través del Consejo de Seguridad y el Grupo de los G8 (Grandes países Industrializados del Mundo).

Además se concretaron acuerdos de cooperación interinstitucional entre el Departamento del Tesoro de los Estados Unidos - Oficina de Asistencia Técnica con la SEPRELAD

Con la creación de la SEPRELAD se inició los contactos con otras entidades similares a nivel internacional, y se logró el reconocimiento por parte del Grupo Egmont de la Unidad de Análisis Financiero del Paraguay como miembro regular, en el año 1998, en ocasión de la VI Reunión Plenaria del Grupo en Buenos Aires.

Desde entonces, la UAF ha participado en las distintas reuniones plenarias del Grupo Egmont, y ha entablado relaciones con unidades homólogas, habiendo también firmado Memorandum de Entendimiento con las UIF de Brasil (COAF), EE.UU. (FinCEN), España (SEPBLAC), Bolivia (UIF), Colombia (UIAF), y Panamá (UAF), acuerdos éstos que permiten un intercambio fluido de información, de manera segura y fiable.